東京慈恵会医科大学精神医学講座は多くの関連病院、関連クリニック、地域保健施設、企業（産業医）にスタッフを派遣しています。

専門医研修プログラムの連携施設は以下の通りです。

基幹施設名： 東京慈恵会医科大学附属病院　（東京都）

連携施設名：
東京慈恵会医科大学附属葛飾医療センター
東京慈恵会医科大学附属第三病院
東京慈恵会医科大学附属柏病院

（以下50音順）

• 青木病院
• 大多喜病院
• 川室記念病院
• 清川延寿病院
• 湘南病院
• 総武病院
• 栃木県精神保健福祉センター
• 那須高原病院
• 成田病院
• 成増厚生病院
• 根岸病院
• 西熊谷病院
• 平川病院
• 北辰病院
• 豊後荘病院
• 町田市民病院
• 八千代病院
• 横手興生病院